在囊胚培養過程中，試管嬰兒醫生不能看到胚胎的性別。例如，普通一代試管嬰兒和第二代試管嬰兒不能看到囊胚的性別。只有通過第三代試管嬰兒技術才能知道胚胎是男是女，但不是每個人都能檢查出第三代試管嬰兒的疑難性別。一般來說，如果有遺傳病或特殊情況，我們必須檢查胚胎的性別，這主要是出于產前護理的目的，但通常在培養過程中，囊胚的性別是看不到的。

一般來說，在試管移植囊胚培養期間，試管醫生根本看不出囊胚男女性別，通常普通一代、二代試管都不能看出囊胚性別，只有做三代試管嬰兒，利用胚胎植入前診斷技術才可以知道胚胎是男是女，但并不是所有人都符合三代試管條件，并且根據相關法律規定，禁止非醫學性胎兒性別鑒定。

通常培養至第5-6天的囊胚，其性別由受精卵中攜帶的性染色體遺傳基因所決定，目前不孕女性患者做一代、二代試管嬰兒，都無法確定精子攜帶性染色體具體情況，胚胎師在顯微鏡下觀察，也只是胚胎的形態以及發育情況，并從中挑選出質量好可移植的胚胎，并不能看出囊胚性別。目前來說移植囊胚生男孩的概率大概為50%左右，在試管治療期間女性要保持平常心，不要過于看重胎兒性別。

囊胚活檢是胚胎活檢中的一項，所謂胚胎活檢是指在胚胎的極體期、卵裂期或囊泡期，通過機械、化學或激光方法打開卵透明帶,通過擠壓或抽吸技術取出一個(或多個)細胞進行檢查。

囊胚由兩種不同的細胞類型組成，即內細胞團和滋養外胚層。ICM細胞會發育成胎兒，而滋養外胚層細胞則將繼續發育成胎盤胚胎側的胚胎細胞。滋養外胚層活檢，就是從囊胚的滋養層中取出一小組細胞進行活體檢查。取出的細胞可以用于全面染色體篩選或進行特定的遺傳性疾病測試。

囊胚活檢增加了胚胎植入前遺傳學診斷的成功率，相比卵裂期胚胎活檢，囊胚活檢所取出的細胞數更多，因此檢測準確性更準確，更能夠擴張遺傳學的檢測范圍，提高活檢力度，增加檢測的有效性。